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硅藻是形成海底生物性沉积物的重要组成部分。硅藻死亡之后的硅质外壳,大量沉积在海底,形成硅藻软泥,这种软泥在寒带海中最多,其沉积层最厚可达200米。据海相沉积层的分析表明,硅藻土中含有83.2%的氧化硅。硅藻土在工业上用途很广,可以作为建筑、磨光等材料,过滤剂、化学方面的吸着剂,造纸、橡胶、化妆品和涂料等的填充剂,以及保温材料等;同时硅藻土对地层的历史及古海洋环境的研究也提供了重要资料。
海洋污染物质,包括一些碳氢化合物、有害重金属、有机氯,以及放射物质等,经过硅藻的吸附、吸收和积累,又经过海洋食物网的传递、扩大,直接或间接损害海洋生物资源的开发利用,并对人类健康带来危害。